Az EU Kék Kártya és a tartózkodási engedély némely esetekben hiába kérvényezett, az engedélyt elutasítják. Ilyen indokok között szerepel, hogyha a kérvényezőnek hiányoznak az úti okmányai, nem tudja hitelt érdemlően igazolni a tartózkodásának célját, valamint kiutasítás alatt vagy beutazás tilalom hatálya alá esik. Esetleg a beutazása veszélyezteti Magyarország közbiztonságát, nemzetbiztonságát vagy közegészségügyi biztonságát. Itt egy SIS nevezetű figyelmeztető jelzést figyelnek a hatóságok, ami jelzi a beutazási és tartózkodási tilalmat. Akinél kiderül, hogy valótlanságot állít, hamis adatokat ad meg, illetve büntetett előéletű, körözött személy, annak a kérvénye szintén elutasításra kerül, nem kaphatja meg ideiglenes, tartózkodási engedélyét vagy a nemzeti letelepedési engedélyét és az EU Kék Kártyát sem.
